2000年6月26日，教育部批准学校试办研究生院，学校学位与研究生教育取得了快速发展：学校全日制在校研究生总数从试办前的1318人增加到4915人，增长了272.9%；获省部级及以上科技成果奖励29项，三大检索论文从2000年的184篇增加至2003年的423篇，增长了129.9%；年度到帐科研经费从2000年的5045万元增加到2003年的1.17亿元；研究生的教育管理日趋规范化、系统化；教学和科研设备能够充分满足研究生培养各个环节的要求，“211工程”一期建设高质量通过验收，“211工程”二期建设项目通过初审，现有5个国家级重点学科，15个省部级重点学科，2个教育部重点实验室，7个其它部市级重点实验室（工程研究中心）；学校师资水平不断提高，结构进一步优化，中国科学院和中国工程院院士由2000年的3名增加到2004年的7名，国家“长江学者奖励计划”特聘教授3人，入选国家百千万人才工程4人，跨世纪优秀人才培养计划4人，部级青年拔尖人才35人，国家级和部级突出贡献中青年专家56人，获国家“杰出青年基金”资助者2人，高校“优秀青年教师奖”5人。专任教师增加到1087人，教授由127人增加到201人，其中教师中具有硕士学位以上的比例提高到80%，教师中具有博士学位的比例由15.4%提高到31%。博士生导师由60人增加至134人，硕士生导师由203人增加至480人，博士生导师中具有博士学位的比例由20%增加至60%。
2004年5月24日，教育部正式批准学校成立研究生院，为学校学位与研究生教育的发展提供了新的契机。学校将以优势学科为基础，构建学科发展新格局完善学科建设立项制，以项目为载体、以学科带头人为核心，建设布局合理、特色鲜明、优势突出的学科体系，促进学科深度融合和优化发展，使一批重点学科尽快达到国际先进水平；学校将以培育学术大师为核心，提高导师队伍素质。学校将组建由若干学科相近或课题有密切联系的博士生导师、正副教授组成研究生导师组，采取既有分工、又有合作的方式联合指导研究生，强调导师群体对研究生培养过程中关键环节的把关作用。加快中青年骨干教师的成长，促进新兴、交叉学科的发展；学校将以培养创新能力为目标，全面提高研究生教育水平。提出了“研究生综合素质教育计划”，建立了“研究生创新活动中心”。举办研究生学术论坛、名师讲坛，组织“与大师面对面”等学术活动，营造创新氛围；建立博士生创新激励机制，通过设立优秀博士生教育创新基金、实行优秀博士论文候选人会诊制度、专项和客座研究员制度、优秀博士论文奖励制度，激励博士研究生做出创造性成果，使学校的研究生教育达到国内领先水平，并尽快接近和达到国际先进水平，提高学校研究生教育的整体实力，力争使学校纳入教育部在全国的“研究生教育创新中心”建设。
学校是全国较早开展MBA专业学位教育的26所高校之一，几年来，采取灵活的学制、具有特色的专业课程模块、注重英语教学、精选教材、严格培养环节等措施，努力打造MBA专业学位的品牌。 2000年底通过全国教学评估。近几年学校生源稳步增长。报考学校在职攻读工商管理硕士学位的人数以及录取分数都在同类院校中名列前茅。
研究生院院长: 宁滨（北京交通大学校长兼研究生院院长）
研究生院常务副院长： 刘志刚 （010-51685579）逸夫楼东805
研工部部长、副院长： 屈晓婷（010-51684917）逸夫楼东806
研究生院副院长： 郝生跃 （010-51688208）逸夫楼东807
研究生院副院长： 荆 涛（010-51682192）逸夫楼东811
研究生院副院长： 绳丽惠（010-51688472）逸夫楼东808
- - 招生办公室 - -
主任科员： 冯继欣 （010-51688153）
科 员： 肖 艳（010-51688162）
地 点： 逸夫楼东801
- - 培养办公室 - -
主任科员: 林葵 （010-51688133）
科 员: 张培军 （010-51688525）
科 员: 姜晓华（010-51688133）
地 点： 逸夫楼东803
- - 学位与学科办公室 - -
主任科员： 劳群芳（010-51688144）
科 员： 喻秋梅（010-51688662）
地 点： 逸夫楼东804
- - 研究生工作部 - -
主任科员： 胡 滢 （010-51688003）
科 员： 秦 莹（010-51688029）
科 员： 江 涛（010-51688029）
地 点： 逸夫楼东802
- - 专业学位办公室（院综合办公室） - -
主任科员： 孙 强（010-51684710）
科 员： 赵 婧（010-51683154）
地 点： 逸夫楼东812
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