国立台东专科学校前身为日治时期的台东厅立农业补习学校，创立于1928年4月1日，校址设于台东镇宝桑里（今地方法院附近）。之后曾二度更名并迁校：1936年更名为台东厅立农林国民学校，校址迁至台东镇博爱路（今鲤鱼山麓）。1937年8月，更名为台东厅立农业专修学校，校址复迁回宝桑里。
光复后，于1946年2月15日改为台东县立农业补习学校，同年3月迁至永乐里本校现址，9月改为三年制台东县立初级农业职业学校。 1948年8月改制为台湾省立台东农业职业学校，增设高级农艺科。1965年6月18日受黛纳风灾重创，学校根基为之动摇，在省府及教育厅全力支持指导下，全面重建，历时一载，至1966年8月完成。 1967年8月改制为台湾省台东农工职业学校。1970年8月改制为台湾省台东高级农工职业学校。
2006年改制为国立台东专科学校，成为全国唯一附设高职的综合类专科学校。改制之初，除原有高职十一科外，设有二专学制之园艺、动力机械及餐旅管理等三科，2007年增设建筑与景观设计、资讯管理等二科以及进修部。 2009年起开始增设五专学制，目前共有餐旅管理、园艺、食品科技、电机工程、文化创意设计产业经营等五科。
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